К сожалению, таковы правила – Церковь отпевает лишь членов Церкви, т.е. крещеных людей, но это вовсе не значит, что Ваш близкий человек лишен милости Божией, Господь – Сердцеведец, о Нем говорится, что «Он и намерения целует». А Вы сами в домашней молитве можете молиться за него, и, уверяю Вас, эти молитвы будут услышаны и будут угодны Господу.